Der Verein „Museumshafen Flensburg e.V.“ will das Wissen und die Fertigkeiten der Handwerker, Seeleute und Fischer aus der Zeit bewahren, als in den Häfen der Ostsee tausende segelnde Berufsfahrzeuge festmachten. Diese Schiffe der Revier- und Küstenfahrt waren kleine Frachtensegler, Fischereifahrzeuge sowie Dienstfahrzeuge, wie z.B. Zoll-, Lotsen- und Rettungskutter aus der Westlichen Ostsee, den Belten und Sunden, dem Kattegat und Skagerrak.
Im Jahr 1979 gegründet, bietet der Verein derzeit Frachtseglern, segelnden Fischereifahrzeugen sowie Lotsenbooten aus der Zeit ab 1880 einen angemessenen Liegeplatz am Bohlwerk im Herzen Flensburgs.

Schwerpunkte der Vereinsarbeit sind:

Wartung und Pflege ehemaliger segelnder Berufsfahrzeuge.
Bewahrung der überkommenen Seemannschaft.
Sammlung und Vermittlung des Wissens an Jung und Alt.
Ausrichtung überregionaler und lokaler Veranstaltungen.
Unterstützung Interessierter.

Zusammen mit der Museumswerft, dem Schifffahrtsmuseum und weiteren Vereinen bietet er unter dem Dach des Vereins Historischer Hafen Flensburg einen Schwerpunkt der maritimen Kulturpflege im Norden Deutschlands.